Men in Black рассказывает о подвигах агентов Кэя (Джонс) и Джея (Смит), сотрудников секретной организации, созданной для наблюдения за инопланетной активностью на Земле. Главные герои оказываются в центре коварного плана межгалактического террориста (Винсент Д'Онофрио), который прибыл на землю, чтобы уничтожить двух посланников из соперничающих галактик.