Микеланджело, Донателло, Леонардо и Рафаэль возвращаются, чтобы сразиться с еще более сильными и опасными злодеями вместе с Эйприл О'Нил (Меган Фокс), Верном Фенвиком (Уилл Арнетт) и новичком, мстителем в хоккейной маске Кейси Джонсом (Стивен Aмелл). Сбежав из-под стражи, суперзлодей Шреддер находит себе союзников - безумного ученого Бакстера Стокмана (Тайлер Перри) и двух полоумных помощников Бибопа (Гари Энтони Уильмс) и Рокстеди (звезда реслинга Стивен "Шеймус" Фаррелли), чтобы осуществить свой дьявольский план и захватить весь мир. Готовясь обезвредить Шреддера и его новую банду, Ниндзи-черепашки сталкиваются с еще большим злом - с грозным Крэнгом, движимым тем же желанием.